Wszystkie regionalne programy operacyjne zostały przesłane do Komisji Europejskiej. Rozpoczął się proces weryfikacji formalnej programów. KE ma dziesięć dni na dokonanie oceny formalnej każdego z nich. Potem zostaną poddane ocenie merytorycznej. Następny etap to negocjacje.

Negocjacje będą prowadzone odrębnie dla każdego województwa. Przewiduje się zorganizowanie trzech spotkań negocjacyjnych dla każdego z nich. Wstępny harmonogram procesu negocjacji zakłada zakończenie negocjacji 16 RPO z KE we wrześniu 2007 r.

Po stronie polskiej w negocjacjach będzie uczestniczył Minister Rozwoju Regionalnego, który będzie pełnił funkcję koordynatora (w tym będzie pośredniczył w kontaktach KE z regionami). Za merytoryczną część negocjacji odpowiada Instytucja Zarządzająca RPO - Zarząd Województwa.

Po zakończeniu procesu negocjacji i przyjęciu regionalnego programu operacyjnego przez Komisję Europejską, Zarząd Województwa przyjmie go w drodze uchwały a Rada Ministrów, zgodnie z art. 20 ust 4 ustawy z dnia 6 grudnia 2006 r. o zasadach prowadzenia polityki rozwoju, przyjmie uchwałę o zakresie i warunkach dofinansowania RPO środkami pochodzącymi z budżetu państwa lub ze źródeł zagranicznych, na podstawie której zostanie zawarte z Zarządem Województwa porozumienie, zwane kontraktem wojewódzkim.

Samorządy województw przesłały RPO do Komisji Europejskiej poprzez system informatyczny SFC 2007.